Miejscowość powstała prawdopodnie na przełomie XII i XIII wieku, krótko po tym jak wzdłuż Psiny doprecyzowano granicę śląsko-morawską, zdaniem Idziego Panica ustanowionej pomiędzy księstwem raciborskim Mieszka Plątonogiego a Morawami być może po roku 1180, prawdopodobnie około 1194. Po raz pierwszy wzmiankowana została w 1283. Według słownika geograficznego Królestwa Polskiego z 1880 roku niedaleko Bieńkowic, u zbiegu rzeki Psiny z Odrą istniała inna wieś o podobnej nazwie – Bękowice.
Wioska leży w Kotlinie Raciborskiej, u wejścia do Bramy Morawskiej. Przebiega przez nią Bieńkowice, ul. Raciborskadroga łącząca Racibórz i Chałupki. Wieś powstała na przełomie XII i XIII wieku. Świadczy o tym zapis w dokumentach klasztoru cysterskiego w Rudach, pochodzący z 1283 roku, w którym jest mowa o Jaśku z Bieńkowic. Nazwa miejscowości pochodzi prawdopodobnie od morawskiego imienia Benko.